Gracias al efecto Josephson, los superconductores pueden utilizarse para medir campos magnéticos. Esto se logra mediante un dispositivo que se llama SQUID por sus siglas en inglés (Superconducting Quantum Interference Device). De hecho los SQUIDS son los detectores más sensibles de campos magnéticos. Su uso es de gran importancia en los laboratorios científicos y en medicina.
Los magnetoencefalogramas registran la actividad cerebral mediante la detección de los campos magnéticos del cerebro. Esta actividad se ve alterada por determinadas enfermedades como el Alzheimer. Los campos magnéticos generados son muy débiles por lo que es necesario disponer de sensores extremadamente sensibles y precisos. Gracias a los SQUIDS es posible realizar mapas funcionales de gran precisión.
Por otra parte, los aparatos de resonancia magnética que se utilizan en pruebas médicas de imagen, funcionan gracias a imanes creados con superconductores.