Al igual que en los óxidos de cobre la estructura atómica de los superconductores de hierro está caracterizada por láminas bidimensionales, en este caso de hierro y arsénico o de hierro y selenio. Los átomos de hierro forman una red cuadrada. En el centro de cada cuadrado desplazado hacia arriba o abajo de forma alterna se sitúan los átomos de arsénico o selenio.
De forma similar a lo que ocurre en los cupratos, la aparición de la superconductividad en los superconductores de hierro depende de la cantidad de electrones en la capa que contiene al hierro. En los compuestos padre cada átomo de hierro aporta 1.2 electrones (en los cupratos sólo es 1). Los compuestos padre son metálicos y antiferromagnéticos. El antiferromagnetismo desaparece al aumentar o disminuir el número de electrones o al aplicar presión. En los óxidos de cobre no se ha observado que desaparezca el antiferromagnetismo por la aplicación de presión. El orden magnético que presentan los superconductores de hierro es diferente al de los óxidos de cobre. Además a diferencia de lo que ocurre en el caso de los óxidos de cobre los compuestos padre son metálicos. Esta diferencia es importante porque el carácter aislante de los óxidos de cobre evidenciaba la importancia de la repulsión entre electrones. Aún no se conoce cómo de fuerte es esta repulsión entre los electrones. Es uno de los temas de estudio.
Como en los óxidos de cobre, en los superconductores de hierro el origen de la superconductividad no está claro. La mayoría de las teorías lo relacionan con la repulsión entre los electrones y con la cercanía del antiferromagnetismo. Sin embargo, algunas teorías defienden que las interacciones con la red juegan un papel importante en la transición superconductora, si bien diferente al que desempeñan en el caso de los superconductores convencionales.